Há duas funções principais da agulha de punção: primeiro, colocar um tubo para drenagem após a punção; segundo, perfurar uma pequena quantidade de tecido para exame patológico ou citológico. Por exemplo, se houver um líquido no peito ou na cavidade abdominal, ou se houver uma infecção abdominal, a punção pode ser realizada sob orientação de ultra-sons, geralmente na área mais superficial do corpo, para reduzir os danos colaterais. Se o doente suspeitar de um tumor numa área específica e o diagnóstico não puder ser feito com certeza por imagem, será feito um exame patológico, tal como um nódulo da tiróide, um nódulo mamário ou uma suspeita de lesão cancerígena e se a patologia confirmar que o nódulo é maligno, o diagnóstico será claro.