Os ovários policísticos podem afectar a menstruação, causando períodos esporádicos e mesmo amenorreia, bem como distúrbios menstruais, tais como menstruação incompleta. A principal manifestação clínica dos ovários policísticos são as perturbações menstruais, principalmente quando o paciente menstrua pela primeira vez numa idade que é basicamente normal, mas após a menarca a maioria deles tem períodos irregulares e esporádicos, e alguns pacientes devem usar medicação para induzir a menstruação. Os ovários policísticos também podem ser associados à infertilidade devido a períodos irregulares e à falta de ovulação. Devem ser realizados ultra-sons e testes hormonais e, dependendo dos resultados, deve ser administrado tratamento de ajustamento do ciclo menstrual. Para aqueles sem requisitos de fertilidade, o ajustamento do ciclo menstrual será dado para normalizar a menstruação. Para as pessoas com necessidades de fertilidade, a medicação de controlo da ovulação deve ser administrada após o ajustamento do ciclo menstrual, para que a mulher possa conceber normalmente.