O baixo fluxo menstrual deve-se frequentemente às seguintes razões: em primeiro lugar, devido a distúrbios endócrinos, por exemplo, devido a alterações ambientais e ao stress, que podem causar alterações no fluxo menstrual, resultando numa diminuição do fluxo menstrual. A segunda é devida a alterações dos níveis hormonais no corpo, como um aumento dos androgénios devido à síndrome dos ovários policísticos, que pode reduzir o fluxo menstrual, e no caso do aumento do lactogénio, que também pode reduzir o fluxo menstrual. Em terceiro lugar, uma diminuição do estradiol devido à insuficiência ovárica prematura, que também pode levar a alterações na menstruação, manifestando-se muitas vezes clinicamente como um baixo fluxo menstrual. A quarta é uma diminuição do fluxo menstrual devido à utilização de determinados medicamentos, como a pílula contraceptiva de acção curta, que afina o revestimento do útero e reduz o fluxo menstrual.