As principais complicações após a cirurgia laser Femtosecond são a sobre ou sub-correcção, o que é um possível desvio do valor alvo pré-cirúrgico. Isto pode ser causado por exames refractivos pré-operatórios incorrectos ou por diferentes ambientes cirúrgicos, bem como por práticas cirúrgicas. Também pode ocorrer regressão refractiva. Se um paciente tiver visão desfocada durante um período de tempo mais longo após a cirurgia, o exame refractivo do olho pode revelar que o erro refractivo voltou, o que pode estar relacionado com o uso pós-operatório do olho, cicatrização da ferida e outros factores. Muitas pessoas queixam-se de olhos secos após a cirurgia, principalmente porque as fibras nervosas sensoriais foram cortadas durante a cirurgia, resultando numa redução da produção básica de lágrimas.