A infeção pelo HPV pode ser vacinada, mas geralmente recomenda-se que a vacina contra o HPV seja administrada após a cura do HPV. As vacinas contra o HPV incluem a vacina bivalente contra o HPV, a vacina quadrivalente contra o HPV e a vacina nove-valente contra o HPV, que são utilizadas para prevenir doenças, lesões e infecções causadas pelos respectivos tipos de HPV que contêm. Para os doentes infectados com HPV, a vacina contra o HPV não é afetada. Por exemplo, se estiver infetado com o HPV tipo 43, pode receber a vacina bivalente contra o HPV porque não foi infetado com os HPV tipos 16 e 18, pelo que a vacina bivalente contra o HPV continuará a ser eficaz na prevenção das infecções pelos HPV tipos 16 e 18. No entanto, deve notar-se que os doentes infectados com HPV que recebem a vacina contra o HPV recebem uma proteção mais fraca em comparação com os que são HPV negativos. Por conseguinte, recomenda-se geralmente que a vacinação contra o HPV seja administrada depois de o tratamento do HPV se ter tornado negativo. Recomenda-se que as mulheres sejam vacinadas contra o HPV sem terem sido infectadas com o HPV para obterem um melhor efeito protetor da vacinação.