O álcool medicinal pode ser utilizado para limpar os ouvidos, mas as indicações para a sua utilização têm de ser rigorosamente seleccionadas e recomenda-se a utilização clínica sob a orientação de um médico. No caso de doentes com otite externa fúngica ou otite média crónica supurativa, pode ser utilizada uma combinação de álcool medicinal e ácido bórico, conhecida como gotas de álcool de ácido bórico, para aliviar o desconforto do ouvido sob supervisão médica, mas pode causar uma dor transitória no ouvido quando aplicada. Além disso, para os doentes com lesões cutâneas no canal auditivo, não é recomendável esfregar com álcool medicinal, uma vez que pode causar dor intensa na membrana mucosa, resultando em grande desconforto para o doente, mas geralmente pode ser utilizada uma esfoliação superficial com iodóforo, que também tem um efeito desinfectante e evita a dor local. A utilização clínica do álcool medicinal exige que o doente não seja alérgico ao componente alcoólico, uma vez que este pode agravar a condição se for alérgico.