Após uma colonoscopia, é geralmente possível voltar ao normal dentro de 1 a 15 dias, dependendo da condição física do indivíduo e da situação específica na altura do exame. Se não for detectado qualquer problema nos intestinos durante a colonoscopia e se se tratar apenas de um exame de rotina, a função do trato gastrointestinal pode voltar ao normal dentro de 1 a 3 dias. Se forem detectadas lesões inflamatórias ou ulcerativas durante o exame e for feita uma biopsia ao mesmo tempo, devem ser consumidos alimentos leves e de fácil digestão após a colonoscopia, e a função do trato intestinal voltará ao normal em cerca de 1 semana. Se forem detectados pólipos intestinais ou lesões tumorais malignas durante o exame, após a ressecção cirúrgica, é necessário jejum e suporte nutricional e, em casos graves, pode demorar cerca de 15 dias para que a função intestinal recupere basicamente. Após a colonoscopia, se o doente tiver diarreia, distensão abdominal e outros sintomas incómodos, deve informar imediatamente o médico e seguir as suas instruções de tratamento.