A amoxicilina é um agente terapêutico para a diarreia, uma vez que as doenças infecciosas do sistema digestivo são uma causa comum de diarreia e, como fármaco antibacteriano de largo espetro, tem um efeito anti-inflamatório e bactericida numa variedade de bactérias sensíveis no trato digestivo, tais como Streptococcus haemolyticus, Salmonella spp. No entanto, antes de utilizar antibióticos, recomenda-se ir ao hospital para uma análise de rotina de sangue e cultura de fezes para confirmar o tipo de bactéria causadora da doença e, em seguida, utilizar antibióticos específicos para o tratamento sintomático, a fim de evitar o abuso de antibióticos, que podem causar efeitos adversos. Além disso, os doentes com diarreia devem ser tratados com uma combinação de agentes antidiarreicos, agentes de equilíbrio hidroelectrolítico e medicamentos anticolinérgicos, tais como comprimidos antidiarreicos, solução de reidratação oral e comprimidos de sulfato de atropina, de acordo com os sintomas reais da doença.