A infeção por Clostridium difficile pode ser tratada com antibióticos, como a vancomicina, quando necessário, mas deve ser feita sob a orientação de um médico e é necessário esclarecer se se trata de uma estirpe patogénica ou não. O Clostridium difficile é uma bactéria anaeróbia, gram-positiva, pertencente a uma das flora normais do trato intestinal humano, participando no equilíbrio da flora intestinal normal do corpo, os infectados pertencem geralmente aos portadores assintomáticos e não causam doença; no entanto, na aplicação a longo prazo de antibióticos e assim por diante, o Clostridium difficile pode levar a infecções oportunistas. Por exemplo, a utilização a longo prazo de amoxicilina, ceftazidima e outros antibióticos de largo espetro, que resultam num desequilíbrio da flora intestinal, enfraquecendo a inibição do C. difficile pelo organismo, pode levar a uma infeção endógena de C. difficile, desencadeando diarreia, dores abdominais, febre e outros sintomas e, em casos graves, pode ser fatal. No caso de uma infeção patogénica definitiva por C. difficile, pode ser considerado o tratamento anti-infecioso com antibióticos susceptíveis, como a vancomicina e o metronidazol, enquanto os antibióticos de largo espetro associados têm normalmente de ser descontinuados. A necessidade de tratamento da infeção por C. difficile e a escolha dos agentes terapêuticos devem ser rigorosamente respeitadas e racionalizadas no âmbito de uma avaliação ritual e não devem ser utilizadas de forma privada.