A vacina contra o HPV é uma estirpe inactivada do vírus e, tal como as outras vacinas contra a gripe e a vacina contra o cérebro B, deve ser evitada durante a menstruação, quando o sistema imunitário do organismo está forte e quando se evita a fase da febre e da constipação. Como a resistência e a imunidade do organismo estão mais baixas durante a menstruação, é fácil ter reacções adversas à vacina, como febre baixa e vermelhidão localizada, inchaço, infecção e pus no local da injecção. Por conseguinte, independentemente do tipo de vacina, não é recomendada a vacinação durante a menstruação. A vacinação só é recomendada 2 a 3 dias após o fim da menstruação, quando a temperatura é normal e quando não existem sintomas como febre, dor de cabeça, constipação ou tosse.