Existem várias causas de colite e a medicação apropriada deve ser escolhida para tratar a causa específica. Para colites agudas onde o agente causador pode ser encontrado, tais como infecções bacterianas, devem ser utilizados antibióticos; para infecções parasitárias, devem ser utilizados medicamentos antiparasitários. As infecções virais, por outro lado, são na sua maioria auto-limitadas e não requerem antibióticos. A recuperação gradual pode ser alcançada parando a diarreia, ajustando a flora intestinal e descansando os intestinos. Para infecções agudas, com a possibilidade de desidratação e envenenamento por infecção, é necessária consulta e tratamento hospitalar sob supervisão médica para evitar complicações graves, tais como falência de órgãos ou prolongamento para colite crónica. Para a colite crónica, a identificação da causa é também fundamental para o tratamento. A inflamação menor do cólon associada à disbiose intestinal pode ser aliviada pela modificação da dieta e medicação probiótica para regular a microecologia intestinal. A colite associada a alergias e intolerâncias alimentares requer a identificação de alergénios e o rastreio cuidadoso dos alimentos intolerantes associados. Para condições específicas, tais como colite ulcerosa, é necessária medicação específica a longo prazo sob supervisão médica específica. A cirurgia também pode ser necessária se o tratamento conservador falhar ou se a condição piorar ou se surgirem complicações graves. Em conclusão, o tratamento da colite precisa de ser adaptado à condição do paciente e de um tratamento individualizado e abrangente.