A síndrome do anticorpo anti-cardiolipina manifesta-se frequentemente de forma clínica como trombose, muitas vezes em vasos de pequeno e médio calibre, podendo ocorrer tanto em artérias como em veias, sendo a trombose venosa a mais comum. Esta patologia deve ser tratada de forma agressiva, principalmente com anticoagulação e terapêutica anti-plaquetária, incluindo a utilização de fármacos anti-plaquetários como a aspirina, a heparina e a varfarina. Por vezes, devem também ser utilizados fármacos hormonais em casos de trombocitopenia definitiva ou de anemia hemolítica auto-imune, bem como em casos críticos de síndroma de anticorpos anticardiolipina com risco de vida ou de mielopatia transesfenoidal. Em caso de trombose aguda, deve ser administrada anticoagulação a longo prazo com heparina ou novos anticoagulantes orais.