Como a amigdalite é causada por uma infecção bacteriana, o uso correcto de antimicrobianos é a base do tratamento. A escolha da via de administração é em grande parte determinada pela gravidade dos sintomas. Se houver dor simples na garganta e não afectar significativamente a função de deglutição, a medicação oral pode ser uma opção. Se houver sintomas sistémicos, tais como febre recorrente, arrepios, fadiga, dor abdominal e diarreia, é melhor administrar a medicação através da via intravenosa. Para além do tratamento da causa da doença, também pode ser dada uma reidratação apropriada para manter o equilíbrio electrolítico e prevenir o agravamento dos sintomas. Os glucocorticosteróides podem ser aplicados de acordo com o peso corporal para ajudar a controlar a infecção e a reduzir o edema, bem como para eliminar rapidamente a dor. Se a temperatura corporal exceder os 38,5 graus, devem ser utilizados medicamentos antipiréticos. Para amigdalite recorrente, especialmente se tiver afectado as funções de deglutição, pronúncia e respiração, a cirurgia é a melhor opção.