Os cistadenomas juncionais do ovário não são muito assustadores e têm geralmente um bom prognóstico quando tratados precocemente. A cirurgia aberta ou laparoscópica é normalmente recomendada para o cistadenoma do ovário. O plano cirúrgico específico tem de ser decidido em função da idade e da condição física, bem como da existência ou não de requisitos de fertilidade. Geralmente, as mulheres jovens podem ser submetidas à remoção cirúrgica de um lado do anexo, devendo o lado oposto e o estado geral ser acompanhados regularmente após a cirurgia para verificar se ocorreram metástases nos gânglios linfáticos pélvicos. Para as mulheres mais velhas e que já não têm necessidade de engravidar, recomenda-se a ressecção dupla do anexo do útero, sendo também necessária a remoção intra-operatória do apêndice, da pélvis e dos gânglios linfáticos. Se o inchaço não for grande, recomenda-se fazer cirurgia laparoscópica, e a recuperação pós-operatória é relativamente rápida, mas também prestar atenção à revisão de rotina. Recomenda-se que o paciente procure tratamento médico o mais rápido possível.