O tempo de incubação da esquistossomose raramente atinge os 30 anos, sendo o período de incubação mais curto da esquistossomose de cerca de 10 dias e o mais longo de cerca de 90 dias.
A infeção crónica por esquistossomose é mais comum em indivíduos persistentemente expostos em áreas endémicas. No entanto, a infeção crónica também pode ocorrer em pessoas com exposição transitória (por exemplo, viajantes). A gravidade da doença está relacionada com o número de ovos depositados nos tecidos, o local anatómico da sua distribuição, a duração e intensidade da infeção e a resposta imunitária do hospedeiro.
Uma vez que os ovos de esquistossoma tenham seguido a corrente sanguínea e invadido os órgãos do corpo, mesmo durante o período de incubação, podem induzir o aumento do fígado e do baço e, se a doença continuar a agravar-se, pode causar hipertensão portal e complicações como ascite, podendo mesmo levar à morte.
A esquistossomose pode constituir um perigo grave para a saúde, pelo que, uma vez diagnosticada, recomenda-se o tratamento ativo.