As pedras de cistina são um tipo relativamente comum de aparelho urinário e podem ser tratadas com litotripsia em 30-40% dos doentes. Deve ser mantida uma ingestão de água adequada de >2000ml por dia para promover a eliminação e dissolução de pedras de cistina. As pedras de cistina são instáveis em ambiente alcalino e podem ser tratadas com citrato de hidrogénio de potássio oral para manter o pH da urina em cerca de 7,0, mas não demasiado alcalino, uma vez que isto pode levar à formação de outras pedras. Se a pedra de cistina tiver mais de 1 cm de diâmetro, a litotripsia de onda de choque extracorporal pode ser realizada para esmagar a pedra até um certo ponto antes da realização da litotripsia de drogas. Se a pedra for muito grande pode ser tratada com nefropunctura percutânea. Durante o tratamento também pode ser tratada com um tubo de nefrostomia e a infusão de drogas como o bicarbonato de sódio para alcalizar o ambiente local e dissolver a cistina. Se o paciente tiver alguns danos na função renal, deve ser tratado da mesma forma que qualquer outra pedra, e uma cirurgia oportuna para remover a obstrução pode salvar os danos na função renal.