A antitrombina, abreviadamente designada por AT, é o principal anticoagulante do organismo. Em primeiro lugar, inativa o Factor 10 e o Factor 2 no organismo e é responsável por mais de 75% da actividade anticoagulante fisiológica do plasma. Em segundo lugar, a antitrombina é produzida principalmente pelo fígado humano e pelas células endoteliais dos vasos sanguíneos e é capaz de inactivar os factores 9, 11 e 12, para além dos factores 10 e 2. Mais uma vez, a combinação de antitrombina e heparina resulta em alterações estruturais e na exposição do centro activo da antitrombina para que esta tenha um efeito anticoagulante mais potente. Só quando a antitrombina do organismo funciona correctamente é que o sistema de coagulação, o sistema de anticoagulação e o sistema fibrinolítico do organismo cooperam entre si para manter o sangue a fluir sem problemas e para evitar tromboses e hemorragias. A antitrombina é, por conseguinte, o principal anticoagulante do organismo e impede a formação de coágulos sanguíneos.