O maior risco de colectomia é a infecção pós-operatória, especialmente após reconstrução do tracto digestivo, que pode levar a fístulas anastomóticas e, em casos graves, até a choques tóxicos que podem pôr em perigo a vida do paciente. Isto porque o intestino grosso contém um grande número de bactérias, e após a ressecção do intestino grosso, a fístula anastomótica irá ocorrer e as fezes entrarão na cavidade abdominal, levando a infecções graves e mesmo a choque tóxico, o que pode pôr em perigo a vida do paciente. O tracto intestinal deve ser preparado antes da operação, e devem ser tomados electrólitos de lactulose ou polietilenoglicol por via oral para limpar as fezes do intestino grosso. Além disso, após a operação, é necessária uma observação atenta para colocar um tubo de drenagem, prestar atenção à cor, volume e natureza do tubo de drenagem e estar alerta para a ocorrência de fístula anastomótica.