A maioria dos doentes com encefalite viral pode geralmente ser curada sem sequelas após uma intervenção clínica precoce e agressiva.
Em alguns doentes, a doença é grave e pode progredir rapidamente levando à epilepsia persistente e à hipertensão intracraniana, causando insuficiência respiratória e circulatória e ameaçando a vida do doente. Alguns pacientes têm danos irreversíveis no parênquima cerebral devido à invasão do vírus, causando uma série de sintomas neurológicos, tais como epilepsia persistente e distúrbios do movimento dos membros. Por conseguinte, o tratamento antiviral precoce e atempado e o tratamento de apoio sintomático são extremamente importantes.