O hipotiroidismo congénito geralmente não tem cura e deve ser diagnosticado prontamente e tratado precocemente. As principais causas do hipotiroidismo congénito são uma glândula tiroide subdesenvolvida ou pouco desenvolvida, defeitos enzimáticos hereditários na via de síntese da tiroxina e defeitos da hormona estimulante da tiroide. Geralmente, a terapia de substituição é feita com medicamentos como a levotiroxina sódica para manter os níveis séricos da hormona tiroideia dentro dos valores normais. Os doentes com hipotiroidismo devem ser reavaliados regularmente. Com o prolongamento do curso do hipotiroidismo, a quantidade de substituição da hormona tiroideia altera-se, devendo ser avaliada atempadamente e a dose ajustada conforme adequado. Os doentes com hipotiroidismo congénito devem dirigir-se ao hospital o mais cedo possível e seguir as instruções do médico para o tratamento.