A causa mais comum de desconforto gastrointestinal a longo prazo é a doença gastrointestinal funcional, ou disfunção gastrointestinal, que se caracteriza por uma longa história de doença, geralmente meses ou anos, com um início lento e episódios intermitentes, muitas vezes com períodos de remissão, ou seja, às vezes leve e às vezes pesada, sendo os adultos jovens os mais comuns. Para o tratamento desta doença, o principal é manter um bom estado de espírito e manter um humor optimista, que pode melhorar a condição, assim como participar activamente em actividades culturais e desportivas, participar em exercício físico, combinar trabalho e descanso, e prestar atenção à distracção. Deve também prestar atenção à regulação da sua dieta, evitar alimentos gordurosos e irritantes, proibir bebidas frias, comer menos e mais refeições, evitar fumar, álcool e café, comer mais vegetais e frutas, comer mais alimentos grosseiros e beber menos bebidas carbonatadas. Evite o abuso de antibióticos, uma vez que tendem a destruir a flora normal do tracto intestinal, levando a perturbações da flora e ao agravamento da doença.