Não foram identificados efeitos secundários significativos com a vacina contra o HPV, mas existem alguns efeitos secundários. A vacina contra o cancro do colo do útero está fora do ar há mais de uma década no total, com mais de 200 milhões de injecções em todo o mundo. Em 2017, a Organização Mundial de Saúde (OMS) tinha um documento de posição que falava dos efeitos secundários da vacina, sendo os principais sintomas locais a dor, vermelhidão, inchaço e nódulos duros no local da injecção, que têm uma elevada probabilidade de ocorrer, mas a maioria deles resolve-se em 48 horas, e alguns pacientes têm uma febre baixa, geralmente <38°C, que se resolve em 48 horas. A melhor idade para a vacinação contra o HPV é no final da adolescência, antes da actividade sexual, e o objectivo da OMS é ter mais de 90% das mulheres vacinadas até aos 15 anos de idade. Actualmente, as adolescentes na Europa e nos EUA estão no programa de imunização e não existem actualmente efeitos teratogénicos significativos na fertilidade. A gravidez é geralmente possível após 3 doses e se a gravidez ocorrer durante a vacinação, o aborto não é recomendado, os check-ups regulares são suficientes e não causa doenças do sistema imunitário, etc., nem aumenta o risco de tais doenças.