As principais complicações após a CPRE são hemorragia, perfuração, pancreatite grave e infecção, que são as quatro principais complicações. As três primeiras destas complicações, se graves, são fatais e são as mais graves, mas a CPRE é geralmente segura. Muitos médicos dizem aos seus pacientes que a CPRE é um procedimento menor e minimamente invasivo, mas na realidade não é um procedimento menor, carrega um certo nível de risco e é um procedimento de nível 4, que é o procedimento mais difícil e arriscado do ponto de vista técnico. As complicações pós-operatórias mais graves são hemorragia, perfuração e pancreatite grave, que são consideradas complicações fatais. Existem opções de gestão para cada complicação, sendo preferível o tratamento endoscópico se houver hemorragia. Se o tratamento endoscópico não for eficaz, é possível um tratamento intervencionista. Se o tratamento eficaz não for possível sob intervenção, o último, isto é, tratamento cirúrgico aberto, tem o problema de recorrência, mas quase 99% da hemorragia pós-operatória pode ser tratada endoscopicamente para alcançar hemostasia. Além disso, a perfuração, que pode agora ser reparada endoscopicamente com endoscopia melhorada. A pancreatite grave, hoje em dia, os medicamentos e vários métodos podem tratar a pancreatite grave, e a sua taxa de mortalidade está a diminuir de ano para ano, e a taxa de mortalidade total ainda é inferior a 2 por 1.000.