O exame não invasivo não permite detetar malformações abertas do tubo neural, que podem ser rastreadas através do rastreio de Down e do teste sistemático de anomalias estruturais fetais, sob a orientação de um médico. As malformações do tubo neural são as anomalias congénitas fetais mais comuns, incluindo espinha bífida aberta, protuberância cerebral grave, etc. Durante a gravidez, o rastreio preliminar pode ser feito através do rastreio de Down no trimestre intermédio, e a ecografia fetal sistemática às 20-24 semanas de gestação também será realizada para rastreio. A técnica de testes pré-natais não invasivos é sobretudo um teste de despistagem de anomalias cromossómicas e não pode detetar malformações abertas do tubo neural. A malformação do tubo neural aberto é causada principalmente pela deficiência de ácido fólico nas mulheres grávidas, pelo que, para prevenir a ocorrência de malformações do tubo neural, é recomendável que as mulheres que estão a preparar-se para a gravidez o façam. Recomenda-se que as mulheres que estão a preparar-se para engravidar comecem a tomar ácido fólico no terceiro trimestre até aos primeiros três meses de gravidez. Para as mulheres com factores de alto risco, como antecedentes de gravidez com malformações do tubo neural e antecedentes de epilepsia, a dose de ácido fólico pode ser aumentada de forma adequada, de acordo com o aconselhamento médico.