O tratamento de doentes com fibrilhação auricular paroxística também requer a administração de anticoagulação. Os doentes com fibrilhação auricular paroxística têm de ser avaliados quanto a eventos hemorrágicos e isquémicos, e a anticoagulação é administrada de acordo com a sua pontuação. Além disso, os doentes com fibrilhação auricular paroxística recebem frequentemente medicação anticoagulante antes da ablação por radiofrequência, incluindo anticoagulação durante três meses antes do tratamento e quatro semanas após o tratamento para prevenir eventos trombóticos arteriais. Além disso, os doentes com fibrilhação auricular paroxística têm de ser sistematicamente testados quanto à presença de hipertiroidismo antes da ablação e tratados em conformidade. Os doentes com fibrilhação auricular paroxística podem ser reanimados com medicação ou ablação por radiofrequência para restaurar a frequência ventricular para o ritmo sinusal e reduzir o risco de complicações.