Quando os humanos ingerem alimentos, os principais locais onde os alimentos são quimicamente digeridos são o estômago e o intestino delgado, utilizando várias enzimas digestivas. Os produtos de decomposição são o indole, moléculas de odor fecal, sulfureto de amónio, ácido acético, etc., que determinam o cheiro a fezes, resultando principalmente no odor a substâncias de indole e odor fecal. Só após a ingestão gradual de uma grande variedade de alimentos, especialmente carne, é que as fezes lentamente se tornam cheiros de fezes. Os doentes com indigestão significativa tenderão também a ter fezes particularmente mal cheirosas. É por isso que é importante comer o mais leve possível, para que as fezes que saem sejam relativamente menos malcheirosas.