A principal diferença entre tonsilite e faringite é que existe uma diferença no local exacto onde ocorre a inflamação. Nas amígdalas, pode ocorrer congestão aguda e inchaço de uma ou ambas as amígdalas, e pode ocorrer uma maior infecção purulenta das amígdalas, com descarga purulenta dispersa ou mesmo contínua da superfície das amígdalas. O local específico da inflamação em doentes com faringite é a membrana mucosa da garganta, que pode ficar agudamente congestionada e inchada, com edema agudo do palato mole e um grau de inflamação e edema das cordas vocais, resultando em dores de garganta significativas. Pode também causar diferentes graus de rouquidão. Como as amígdalas e a mucosa da garganta estão muito próximas uma da outra, há também um efeito recíproco quando ocorrem condições inflamatórias.