O baixo fluxo menstrual pode afetar a fertilidade porque as causas do baixo fluxo menstrual afectam geralmente a gravidez, por exemplo, doentes com baixo fluxo menstrual devido a hipertiroidismo ou síndrome dos ovários poliquísticos, hipogonadismo ovárico, etc., que afectam a ovulação, pelo que é geralmente mais difícil para os doentes conceberem. Mesmo que a doente consiga engravidar normalmente, existe uma maior probabilidade de nado-morto, parto prematuro, diabetes gestacional, hipertensão arterial e outros resultados adversos. Se o baixo fluxo menstrual da doente for causado por danos no endométrio e aderências endometriais, a tolerância do endométrio será reduzida, o que afectará a implantação do óvulo fertilizado, e a doente está sujeita a gravidezes bioquímicas ou à possibilidade de paragem embrionária e aborto espontâneo.