A pasta de dentes com flúor é preferível porque o flúor que contém aumenta a resistência dos dentes à cárie e previne a ocorrência de cárie dentária. O flúor, quando aplicado topicamente, pode interagir com a hidroxiapatite no esmalte para formar fluorapatite, que é mais insolúvel em ácido, aumentando a resistência do esmalte à acidez e aumentando assim a capacidade do dente de resistir à cárie. Ao mesmo tempo, o aumento da concentração de iões flúor pode também promover a remineralização dos dentes, e para a cárie precoce, pode também terminar ou remineralizar o dente, e prevenir a ocorrência e o desenvolvimento da cárie. Portanto, a pasta de dentes com flúor tem muitos benefícios para os dentes, e na prática clínica, algumas cáries precoces são tratadas por aplicação de flúor, pelo que se recomenda a aplicação de pasta de dentes com flúor. Por vezes, a pasta de dentes com flúor não é recomendada para crianças ou crianças mais novas devido ao risco de engolir a pasta de dentes e ao risco de fluorose dentária. No entanto, a quantidade ingerida ou a quantidade de flúor contida na pasta de dentes tem muito poucas hipóteses de desenvolver fluorose dentária ou de provocar potencialmente fluorose.