Os imunossupressores são utilizados principalmente para prevenir a rejeição após o transplante. Baseia-se geralmente no estado da doença antes do transplante (prevendo a probabilidade de recaída após o transplante, por exemplo, a leucemia linfóide de ácido T, que é propensa a recair após o transplante) e o micro-resíduo pós-transplante e a ausência de rejeição após o transplante. Se o médico achar que a probabilidade de recaída é elevada após o transplante, ou se houver um elevado nível de residual mínimo, o medicamento deve ser reduzido o mais rapidamente possível. Pode mesmo parar a medicação. Se o resíduo ainda for elevado após a paragem da medicação e não houver rejeição, usar medicação para induzir a rejeição, e se o resultado não for bom, é melhor infundir células do doador e fazer imunoterapia. Se houver rejeição aguda, é importante verificar a concentração do medicamento anti-rejeição e mantê-la dentro do intervalo terapêutico, por exemplo, ciclosporina entre 150-250 (no nosso hospital). Outros medicamentos devem ser acrescentados ao mesmo tempo.