A diferença entre uma punção óssea e uma punção lombar é que o local da punção é diferente. O local da punção lombar é geralmente a coluna lombar, abaixo do processo espinhoso da quarta vértebra lombar, e o material que sai da punção é o líquido cefalorraquidiano, que é testado para excluir certas doenças. A maioria das punções lombares são realizadas clinicamente para excluir doenças tais como meningite séptica e meningite viral, incluindo doenças vasculares e lesões da medula espinal. O local da punção óssea é geralmente o osso ilíaco e o líquido da medula óssea é extraído, principalmente para excluir doenças como leucemia, tumores e reumatismo. Tanto a punção lombar como a aspiração óssea devem ser feitas sob a orientação de um médico, com boa assepsia para evitar infecções.