A profilaxia perioperatória, administrada demasiado cedo para ser eficaz, deve ser administrada dentro de 0,5-1 hora antes de a pele da mucosa ser cortada no local da cirurgia, ou no início da anestesia. É suficiente assegurar que o local da cirurgia é exposto com uma concentração de medicamentos antibacterianos no corpo que irá matar as bactérias durante o procedimento. Os medicamentos especiais, como a vancomicina, têm de ser administrados 1-2 horas após o procedimento, mais de 2 vezes a semi-vida do medicamento, e podem ser considerados medicamentos intra-operatórios adicionais. Para a cirurgia rectal, podem ser administrados medicamentos antibacterianos orais 1 dia antes da cirurgia, com um princípio de administração tão simples quanto possível.