As principais diferenças entre a colheita de uma amostra através do nariz e da orofaringe para o teste de ácido nucleico são a via, a localização, a exatidão do teste e o desconforto causado ao corpo. O teste de ácido nucleico é efectuado através da colheita de uma amostra através do nariz ou da faringe (voz) utilizando uma zaragatoa faríngea para o teste de ácido nucleico de novos coronavírus. Os neocoronavírus são vírus respiratórios, pelo que as probabilidades de o vírus estar presente no trato respiratório são as mais elevadas. A entrada pelo nariz pode ser dolorosa e até propensa a hemorragias, mas o local de chegada pode ser um pouco mais profundo e algumas pessoas podem sentir uma irritação significativa por corpo estranho, podendo mesmo ter uma reação desconfortável, como prurido nasal com espirros. A colheita de amostras da faringe (garganta) é geralmente fácil de aceitar pelo doente, mas é muitas vezes difícil alcançar a parede posterior da faringe devido ao reflexo de náusea que ocorre quando a pituitária palatina e a base da língua são estimuladas, e a amostra é facilmente interferida por uma série de outros factores, como a saliva. A escolha do teste do trato respiratório superior, quer da cavidade nasal quer da faringe, tem as vantagens da simplicidade, comodidade e rapidez. Quanto à exatidão dos dois métodos de amostragem, os estudos não são conclusivos, mas ambos são reconhecidos e recomendados pelas clínicas, pelo que se deve consultar as recomendações do local de amostragem para métodos específicos.