A sinusite fúngica é tratada principalmente por cirurgia e, para aqueles que necessitam de terapia antifúngica sistémica, os medicamentos antifúngicos, como o itraconazol, são geralmente tomados por via oral. Na presença de factores alérgicos que causam a doença, a prednisona oral e outros glucocorticosteróides ajudam no tratamento. A medicação específica tem de ser decidida de acordo com a condição específica, não havendo comparação entre qual a melhor medicação oral. Como a sinusite fúngica é causada por uma infeção fúngica, alguns casos necessitam de cetoconazol oral, itraconazol, anfotericina B e outros medicamentos antifúngicos; os doentes com sinusite fúngica alérgica podem tomar prednisona oral e outros medicamentos glucocorticosteróides para aliviar os sintomas da rinite, o que constitui um importante tratamento adjuvante. A escolha da medicação para a sinusite fúngica tem de ser normalizada após um exame sistemático e um diagnóstico claro efectuado por um especialista.