As inversões cromossómicas entre braços podem afetar fetos com anomalias cromossómicas ou estruturais do desenvolvimento. Quando os testes pré-natais não invasivos ou o diagnóstico pré-natal durante a gravidez sugerem inversões cromossómicas (por exemplo, cromossoma 7 ou 9, cromossoma Y, etc.), pode resultar numa combinação de anomalias cromossómicas ou anomalias estruturais congénitas no feto, como a doença cardíaca congénita. Os efeitos a longo prazo incluem infertilidade ou aborto recorrente durante o período reprodutivo em fetos femininos e infertilidade em fetos femininos em fetos masculinos. Para as pessoas com elevado risco de anomalias estruturais cromossómicas detectadas pelo rastreio ou para os casais que dão à luz bebés com anomalias congénitas graves, deve ser efectuado um aconselhamento pré-natal atempado e um diagnóstico pré-natal após a gravidez para excluir o risco de anomalias cromossómicas no feto. Para os casais com antecedentes de gravidezes e partos adversos recorrentes, a fertilização in vitro de terceira geração – transferência de embriões (FIV-ET) pode ser efectuada sob supervisão médica para conceber, se necessário.