O teste clínico mais comummente utilizado para H. pylori é o teste do hálito de carbono 13 ou o teste do hálito de carbono 14, que custa entre$220-280. O teste pode ser feito em centros de saúde ou hospitais e tem um valor de referência inferior a 4. Se o valor de referência for maior ou igual a 4, o paciente é diagnosticado com infecção por H. pylori. Recomenda-se que o paciente seja primeiro submetido a uma gastroscopia para descartar a presença de doenças orgânicas do tracto gastrointestinal superior, tais como gastrite crónica, úlcera péptica, cancro gástrico, linfoma gástrico, etc. O paciente deve também ser submetido a uma terapia oral quádrupla durante 10-14 dias numa base regular e novamente um mês após a interrupção do medicamento para testar se o mesmo foi erradicado com sucesso através da respiração com carbono 13 ou carbono 14.