As dores de cabeça nocturnas podem ser causadas tanto por doenças mentais como por doenças físicas, como por exemplo, estar demasiado ansioso, stressado ou deprimido no momento e estar demasiado preocupado com os seus sintomas físicos e problemas de saúde. Existe o risco de perturbações de ansiedade, de depressão ou de somatização, que podem provocar dores de cabeça neurológicas particularmente regulares durante a noite e que podem ser acompanhadas de vários incómodos físicos, como tonturas, náuseas, insónias, sonhos excessivos, etc. Naturalmente, existem também doenças físicas que podem provocar dores de cabeça nocturnas, como a gripe, a hipertensão arterial ou doenças orgânicas como a diabetes, que podem provocar dores de cabeça semelhantes.