Um certificado sanitário requer um exame anal. Isto porque a área anal pode ser infectada pelo vírus do papiloma humano de baixo risco, o que por sua vez pode levar a verrugas anais. As verrugas são uma doença contagiosa e precisam de ser verificadas quando se solicita um certificado sanitário. Também é necessário um teste de rotina às fezes para descartar a presença de lesões intestinais. Na prática clínica, os pacientes com doenças infecciosas do tracto digestivo, tais como disenteria, febre tifóide e hepatite viral, não estão autorizados a requerer um certificado sanitário, especialmente se trabalham na indústria da restauração, o que requer um exame anal de rotina. Os doentes que apenas têm hemorróidas internas, externas ou mistas, fissuras anais ou abcessos perianais, não serão afectados pelo certificado sanitário. Estas doenças não são contagiosas e não há necessidade de se preocuparem excessivamente se forem encontradas durante o exame.