A melatonina não tem efeitos secundários absolutos, mas quando a melatonina atinge uma determinada dosagem, um pequeno número de pessoas pode sofrer efeitos secundários como a inibição do desenvolvimento gonadal, a queda da temperatura corporal e a infertilidade.
A melatonina tem origem na glândula pineal no interior do cérebro humano e tem funções fisiológicas como a regulação do jet lag, o anti-envelhecimento, a regulação da imunidade e a promoção do sono. Com o desenvolvimento da ciência e da tecnologia, é agora possível obter melatonina sintética, quando o consumo normal de melatonina, geralmente não aparecem efeitos secundários óbvios, mas precisam de ser diferentes de pessoa para pessoa.
No entanto, de acordo com institutos de investigação relevantes, algumas pessoas podem inibir o desenvolvimento gonadal após a ingestão de melatonina, levando a efeitos colaterais como diminuição da libido, diminuição da saúde do esperma e inibição da ovulação feminina em homens e mulheres. A melatonina também pode causar uma descida da temperatura corporal basal e infertilidade, mas as probabilidades de isto acontecer são pequenas.
Na vida quotidiana, as pessoas saudáveis não necessitam de suplementação excessiva de melatonina, e a melatonina não tem o papel de tratar doenças, apenas como um produto de cuidados de saúde a utilizar, e não pode substituir os medicamentos.