O teste da flora intestinal pode ser feito por meio de um teste de cultura de fezes. Isto é geralmente feito através da cultura de fezes frescas num meio especial de cultura bacteriana, que é utilizado para descobrir o tipo de bactérias e o número exacto de bactérias em cada tipo. Em circunstâncias normais, o número de bactérias no intestino humano é relativamente constante, tal como a proporção entre os vários tipos de bactérias. As bactérias em cada proporção interagem entre si para manter a flora normal do intestino humano e para assegurar o funcionamento normal do intestino. Se houver um desequilíbrio na proporção de espécies ou números de bactérias, um crescimento excessivo de certas bactérias patogénicas pode afectar o funcionamento normal do intestino e conduzir a diarreia e outros sintomas.