Os sintomas da estomatite incluem úlceras, herpes ou pseudomembranas da mucosa oral. A estomatite é uma reacção inflamatória da mucosa da cavidade oral, mais frequentemente causada por infecções bacterianas, virais ou fúngicas, tais como estomatite ulcerosa, estomatite herpética, estomatite alérgica a medicamentos e estomatite de Candida. A estomatite ulcerosa é geralmente observada na língua e na mucosa bucal. A doença começa com congestão ou edema e desenvolve-se gradualmente para uma úlcera vesicular com um pseudomembrana branca ou amarela de exsudado inflamatório e uma reacção local dolorosa. Normalmente cura espontaneamente dentro de uma semana ou mais. A estomatite herpética é mais frequentemente causada pela infecção pelo vírus do herpes simplex e é mais comum nos cantos da boca. Começa como aglomerados de pápulas pontiagudas que se decompõem lentamente para formar crostas amarelas, por vezes com dores fortes ou abertura da boca restrita. A estomatite alérgica a medicamentos é geralmente causada pela administração de medicamentos específicos e desenvolve-se geralmente vinte e quatro horas após a toma do medicamento, com congestão ou edema na área da mucosa. A estomatite de Candida é mais frequentemente causada por infecções fúngicas. Nos recém-nascidos, as alterações pseudomembranosas brancas na área da mucosa podem ser esfregadas e interferir com a alimentação normal, e o bebé tenderá a chorar e a recusar-se a comer. Portanto, a estomatite pode apresentar-se como úlceras na área da mucosa, ou como crostas edematosas, e por vezes como dor localizada.