Warfarin e rivaroxaban têm as suas próprias vantagens e desvantagens. Uma vez que a warfarina é utilizada há mais tempo, as provas de utilização clínica, e a experiência clínica, são mais fortes. Por conseguinte, as indicações clínicas da warfarina são mais claras e a eficácia é mais clara. Rivaroxaban, incluindo o apixaban e a mais recente forma de dabigatran, são anticoagulantes orais mais recentes que também só surgiram na última década, mais ou menos. Como a warfarina é susceptível aos alimentos e medicamentos e tem uma janela terapêutica estreita, tem certas desvantagens no uso clínico. O uso de warfarina requer uma amostragem regular do sangue para monitorizar a coagulação e observar se os indicadores INR são cumpridos, bem como a necessidade de considerar se a dose precisa de ser ajustada e se outros medicamentos afectaram o efeito da warfarina, enquanto que o rivaroxaban não requer uma monitorização de rotina da coagulação. Em segundo lugar, o rivaroxaban tem um início de acção mais rápido e pode funcionar no mesmo dia, enquanto que a varfarina tem um início de acção mais lento e pode demorar 4-5 dias a atingir uma eficácia óptima. Embora o rivaroxaban tenha uma meia-vida mais curta e não exija um controlo de rotina dos indicadores de INR, é muito mais caro do que a varfarina porque é um novo tipo de anticoagulante oral. Além disso, existem antagonistas específicos para a overdose de varfarina, embora a varfarina tenha uma janela terapêutica mais estreita e possa ser facilmente sub ou sobre-doseada. O uso clínico da overdose de varfarina pode ser seguido por uma injecção de vitamina K. Os efeitos da varfarina são imediatamente reduzidos, mas não há antagonista específico para o rivaroxaban. Em muitas situações clínicas podem ser utilizadas de forma intercambiável, mas em alguns casos, tais como após substituição da válvula protética, a warfarina é necessária para anticoagulação, e na fibrilação atrial a warfarina também é recomendada para terapia antitrombótica.