O consumo excessivo de leite de soja pode desencadear flatulência. O leite de soja é um tipo de produto de soja, e os próprios produtos de soja são alimentos mais susceptíveis de produzir gás, porque os alimentos de soja contêm nutrientes que são difíceis de digerir directamente, tais como o açúcar abreviado, e uma vez consumido em demasia pode acumular-se no intestino, reagindo com fluidos intestinais para produzir grandes quantidades de gás e eventualmente levar à flatulência. No entanto, nem sempre é possível consumir leite de soja, desde que se tenha o cuidado de o consumir com moderação, este pode ser muito útil para aumentar a nutrição. Para além de beber com moderação, é melhor não beber leite de soja com o estômago vazio, mas bebê-lo com massa para evitar a secreção de ácido estomacal com o estômago vazio. Para pacientes que sofrem de doenças gastrointestinais, é importante não beber leite de soja e outros produtos de soja com o estômago vazio.