Podem ocorrer falsos positivos com o hálito de carbono 13, especialmente devido aos efeitos de medicamentos relacionados ou se o teste for efectuado depois de comer. O teste do hálito de carbono 13 requer jejum de pelo menos 6 horas, interrupção de antibióticos durante pelo menos 4 semanas, interrupção de inibidores da bomba de protões e de bismuto durante pelo menos 2 semanas e interrupção de medicamentos à base de plantas antes do teste. Podem ocorrer resultados falsos positivos se o teste respiratório do carbono 13 for efectuado sem seguir os requisitos de preparação acima indicados. Para além dos falsos positivos, há também falsos negativos, como quando são utilizados antibióticos antes do teste, resultando na supressão da H. pylori. Existem várias formas de detetar a H. pylori, como o teste rápido da urease realizado sob gastroscopia, o exame fecal, o teste serológico de anticorpos, etc. Os doentes com suspeita de infeção por H. pylori podem ser submetidos a testes adicionais por estas vias. Os doentes que se suspeite terem um falso positivo para a H. pylori através da prova respiratória do carbono 13 devem consultar um médico para efetuar mais testes.