Os probióticos são utilizados principalmente para tratar a diarreia. Se tomar probióticos e tiver diarreia, deve considerar que tem o que é medicamente conhecido como reacção de extinção. Isto porque o corpo do paciente tem bactérias mais nocivas e menos benéficas, e a súbita adição de uma grande quantidade de bactérias benéficas fora do corpo fará com que o corpo reaja negativamente e ocorrerá a diarreia. Contudo, a reacção de extinção não durará muito, a maioria delas desaparecerá em 1-2 dias. Depois de tomar probióticos, é possível que os probióticos que acabam de entrar no corpo concorram com as bactérias nocivas do corpo, o que pode causar diarreia no processo de competição. Portanto, se tiver diarreia após a toma de probióticos, pode observá-la temporariamente durante 1-2 dias, se os sintomas não melhorarem, recomenda-se que vá ao hospital.