Clinicamente, o AVC é um dos maiores perigos da fibrilação atrial. A fibrilação atrial ocorre quando a actividade eléctrica ordenada dos átrios se perde e a função contrátil efectiva dos átrios se perde. Nesta altura, o fluxo de sangue nos átrios é vortexado e quando a fibrilação atrial persiste por mais de 48 horas, pode desenvolver-se um trombo nos átrios. Quando o trombo resultante é deslocado, fluirá com o fluxo de sangue arterial e parará onde quer que pare, causando potencialmente o bloqueio da parte correspondente do vaso sanguíneo, tais como embolia cerebral, embolia da artéria do membro inferior, embolia da artéria mesentérica, etc. Destes eventos embólicos, o mais comum é o embolismo cerebral, ou AVC, que é frequentemente referido como um “AVC”. O AVC é um dos maiores riscos de fibrilação atrial. A incidência de AVC na fibrilação atrial não-valvar é 5,6 vezes superior ao normal, e na fibrilação atrial valvular 17,6 vezes superior ao normal.