O objetivo do EEG é clarificar o diagnóstico e o tratamento. Por conseguinte, quando o EEG de rotina é efectuado em doentes que tomam fármacos antiepilépticos, os fármacos não devem, em geral, ser reduzidos ou descontinuados para evitar a recorrência da doença e a possível persistência da epilepsia. Casos especiais, como a localização pré-cirúrgica da fonte epilética, requerem a redução ou mesmo a interrupção dos fármacos com o objetivo de obter um EEG em fase de crise e não são exames de rotina. Por isso, antes de realizar um EEG, é importante informar detalhadamente o médico sobre a medicação atual do doente e consultá-lo sobre a necessidade de suspender a medicação, e nunca suspender a medicação por conta própria.