Quando um medicamento alvo de segunda geração tem efeitos secundários, se os sintomas forem ligeiros, pode continuar a tomar o medicamento e administrar tratamento sintomático para os efeitos secundários. Se os efeitos secundários forem graves, recomenda-se a interrupção da toma do medicamento e o tratamento sintomático. Os efeitos secundários comuns dos medicamentos alvo de segunda geração incluem náuseas, vómitos, alergia, inchaço ou lesões cutâneas. No caso de desconforto gastrointestinal ligeiro, a função gastrointestinal pode ser melhorada tomando montelucaste ou amoxicilina. Em caso de alergia a medicamentos, esta pode ser tratada reduzindo a dose do medicamento ou tomando medicamentos anti-alérgicos como a difenidramina e o paracetamol. As lesões cutâneas ou erupções cutâneas podem ser tratadas através da aplicação tópica de pomada de eritromicina. Se os efeitos secundários causarem complicações graves, como angina de peito, dispneia ou lesões no sistema imunitário, é aconselhável suspender o medicamento e consultar um médico para ajustar o tratamento, mudando o medicamento alvo. Uma vez que as complicações graves não favorecem o tratamento da doença primária e podem prejudicar a saúde, não é recomendável continuar a tomar o medicamento sem autorização. Ao escolher medicamentos alvo de segunda geração para a radioterapia, é necessário observar a resposta ao medicamento e monitorizar regularmente os resultados do tratamento.