A RMN é um exame relativamente seguro, mas existem alguns riscos, como desconforto psicológico e lesões auditivas, quando as crianças fazem uma RMN.
A RMN é diferente dos raios X na medida em que não é radioactiva e não causa danos no corpo. Além disso, a RM é mais precisa e pode detetar atempadamente pequenas lesões no corpo, o que tem um elevado valor de aplicação.
No entanto, durante o exame, a criança estará num espaço relativamente confinado, o que pode causar um certo grau de pressão psicológica, provocando pânico, nervosismo, medo e outras emoções adversas. Além disso, a máquina de exame emite ruídos óbvios, pelo que pode usar tampões para os ouvidos para evitar danos auditivos.