Qualquer intervenção cirúrgica comporta um certo grau de risco cirúrgico, pelo que existe também um risco correspondente quando se efectua uma cirurgia de craniofaringioma. Do ponto de vista médico, qualquer intervenção cirúrgica comporta um certo grau de risco. O craniofaringioma localiza-se na base do cérebro humano, onde se distribui um grande número de nervos, como os nervos motores e ópticos, bem como a artéria carótida interna e os tecidos das glândulas endócrinas. Existe um risco considerável de estes órgãos e nervos serem danificados durante a cirurgia. Durante a cirurgia de craniofaringioma, se a operação não for realizada corretamente, pode causar hemorragia intra-operatória, resultando em choque ou morte do doente. Quando a operação é realizada incorretamente, pode causar disfunção dos nervos cranianos do doente, resultando em dificuldade de movimento ocular, perda de visão e outros sintomas. Quando os doentes são submetidos a uma cirurgia de craniofaringioma, devem escolher grandes hospitais regulares e profissionais para reduzir a ocorrência de riscos cirúrgicos.